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火炬松线粒体DNA全序列分析

【摘要】:本研究以火炬松202无性系为研究材料,通过五种提取DNA的方法,筛选出提取DNA质量较好的方法。将高质量的火炬松总DNA通过Solexa高通量测序方法进行测序,拼接组装得到火炬松线粒体DNA(Mitochondrial deoxyribonucleic acid,mtDNA),对得到的mtDNA序列进行分析、基因功能注释等。主要研究结果如下:(1)五种DNA提取方法为:3种传统提取法(CTAB法、SDS法、Zigenhagen法)和2种试剂盒法(天根植物核酸提取试剂盒法、生工植物核酸提取试剂盒)。传统的CTAB法得到的DNA浓度最高,与其他四种方法提取的DNA浓度之间存在显著差异(P0.05),与凝胶成像显示的结果一致。通过OD260/OD280的值判断提取DNA的纯度,CTAB法和天根试剂盒法提出的DNA的OD260/OD280均略大于2,存在少量RNA污染。SDS法和生工试剂盒的OD260/OD280均略小于1.8,说明存在少量蛋白质等大分子的污染。而Zigenhagen法提取的DNA纯度最好,OD260/OD280值介于1.8-2.0,基本无杂质污染。综上所述,在火炬松松针DNA的提取方法中,CTAB法和天根试剂盒法为较优方法。(2)通过Solexa高通量测序法对火炬松DNA进行测序,经测序数据整理和序列拼接,所得基因组长度为119 1054 bp,GC比例为47.77%,无gap,测序数据完整。(3)火炬松线粒体DNA的基因一共11类84个,分别是:编码核糖体RNA的基因7个,编码细胞色素C氧化酶亚基的基因3个,编码核糖体蛋白的基因14个,编码NADH脱氢酶亚基的基因9个,编码tRNA-氨基酸的基因38,编码ATP酶亚基的基因5个,编码细胞色素C生物合成蛋白的基因4个,编码SEC独立蛋白转运蛋白的基因1个,编码成熟酶的基因1个,编码琥珀酸脱氢酶亚基的基因1个和编码载脂蛋白细b的基因1个。

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